BİYOİNFORMATİĞİN KANSER ÇALIŞMALARINDAKİ ÖNEMİ

---

06.12.17, Çarşamba

Neredeyse hergün birçok yeni bilgi, çalışma ve makale bilimsel veri tabanlarında (PUBMED, Web of Science, Google Akademik ve Google Scholar gibi) yerini almaktadır. Böylelikle çok geniş ve çok büyük bir bilgi bankası oluşmuş durumdadır. Fakat bu çalışmaların tek tek...

Biyoinformatik, biyolojik bilginin bilgisayar desteği ile incelenmesi ve işlenmesidir. İnterdisipliner bir bilim olan biyoinformatik, biyolojik veriyi depolama teknikleri ve depodan bulma teknikleri geliştirir, düzenler ve analiz eder. İlk kez Paulien Hogeweg tarafından 1970 yılında, canlı sistemlerin bilgisinin incelenmesi sırasında biyoinformatikten yararlanıldı. Daha sonra 2001 yılında ise insan genom projesinin açıklanması ile önemi ortaya çıkmaya başladı. 1970’lerde moleküler biyolojiden ayrılan biyoinformatiğin 1990’larda ayrı bir bilim dalı olarak kabul edilmesi, hızla yükselen veri miktarının doğurduğu ihtiyaç ve bir o kadar hızla yükselen bilgisayar teknolojisinin sunduğu imkanlar ile gerçekleşti.

 

Bilimsel bilginin yer bulduğu veri tabanları sayesinde bazen hiçbir ek laboratuvar çalışmasına gerek duymaksızın mevcut bilgiden kurduğumuz hipotezlerin yanıtlarına ulaşmamız çok kolay hale gelmiştir. Fakat bu yanıt bulduğumuz verilerin bilimsel değer taşıması için ek biyoinformatik çalışmalara ihtiyaç vardır. Özellikle tıp, biyoloji gibi sağlık alanlarında ve biyomühendislikte biyoinformatiğin önemi yadsınamaz bir gerçektir. Bu mevcut bilgilerin hastalıkların biyolojik temelini ortaya çıkarmada rol aldığı bilinmektedir. Öncü tıp, mevcut bilgiden yola çıkarak, bir hastanın hastalığının moleküler özelliklerine bakarak bu hastalığın tanı, tedavi ve korunmasında neler yapılması gerektiğini bize söyleyebilmektedir. 

 

Kanser çalışmalarında yeni nesil teknolojiler sayesinde keşfedilen yeni yöntemler ile hem çok detaylı bilgiler elde edilebilmektedir. Fakat bu yöntemlere ulaşamayanların bu yapılmış çalışmaları okurken sorun yaşadıkları da bir gerçektir. Çünkü bu yeni yöntemlerde deneyler yapıldıktan sonra çeşitli biyoinformatik yöntemlerle de sonuçlarını ortaya koymanız gerekmektedir. Bu yüzden bu bilginin kalitesini görebilmemiz biyorinformatik belleğinize bağlıdır. Çünkü biyoinformatik çalışmalar bize öyle inanılmaz veriler sunmaktadır ki, bazen kurgulamamız bile zordur. Örneğin biyoinformatik görüntüleme analizleri, bazen bir genden sentezlenen proteinin kompleks şekillerini verebilmekte veya bazen DNA’ya bağlanan bir molekülün akıbetini gösterebilmektedir. Bilim insanları da bu analizler sayesinde hangi hastalığa hangi anormalliklerin sebep olduğunu rahatlıkla gösterebilmektedir. Bununla birlikte, bazen bir kanser vakasında bir mutasyonun ilgili gendeki yerini ve etkisini görmemiz bile mümkündür. Kısaca özetleyecek olursak, tümörü tanımlamak, ıslak laboratuvarda uzmanların/ teknisyenlerin işi, kuru laboratuvarda biyoinformatikçilerin işidir. 

Kanser çalışmalarında bir genetik (mutasyon, amlifikasyon gb) veya epigenetik (metilasyon, asetilasyon, fosforilasyon) anormalliği bir DNA dizi analiziyle veya bir mikroarray çalışmasıyla ortaya çıkarmak sadece ufak bilimsel bir yol almaktadır. Halbuki anormalliğin altında yatan faktörleri ortaya koymak o çalışmanın değerine değer katacaktır. Tespit edilmiş olan anormalliğin kanser tanı, tedavi veya prognozundaki önemini ortaya koymak için biyoinformatik analizlere ihtiyaç duyulmaktadır. Yapılan bilimsel çalışmalar çoğunlukla yapılan yeri ilgilendiren bir sorun da olabiliyor. Bu yüzden bulduğunuz şeylerin dünya genelindeki resmini ortaya çıkarmanız ancak biyoinformatikle mümkündür. 

 

Sonuç olarak, biyoinformatik ne kadar insanın üstünde duran elbise gibi görünüyor olsa da, o elbisenin de çeşitleri, incelikleri ve özellikleri olduğunu bilmekteyiz. Herkes üstüne uyan, yakışan ve en güzelini bulmaya ve almaya çalışır. İşte biyoinformatik yöntemlerin de birçok farklı çeşidi (COSMIC, Oncomire, FIREHOSE, cBioportal gibi) vardır. Eğer siz çalışmanız için uygun, doğru ve en önemlisi de güvenilir olanı seçerseniz işte o zaman çalışmanızın bir değeri olacaktır.